Vid Uppsala C sammanstrålar järnvägarna från Norrland och Dalarna och för att gemensamt fortsätta söderut mot Stockholm. Banan Stockholm–Uppsala–Sala är en del av den ursprungliga Norra stambanan som därefter via Krylbo och Storvik fortsatte norrut. Sträckan Uppsala–Gävle byggdes som enskild järnväg men förstatligades senare och räknas nu som en del av Ostkustbanan.
Mellan 2005 och 2011 pågick en stor ombyggnad av Uppsala C inom det omfattande resecentrumprojektet. Hela spåranläggningen nybyggdes och ett nytt stationshus uppfördes i anslutning till det gamla. Dessutom tillkom en tunnel för både resenärer som genomgående gång- och cykeltrafik kallad Centralpassagen. I projektet ingick även en omdaning av busstationen och cykelparkeringar på sydvästra sidan av bangården.
Uppsala C är formellt en driftplatsdel inom Uppsala driftplats som också innehåller driftplatsdelen Uppsala norra. Driftplatsdelen sträcker sig från Kungsängsleden i söder till broarna över Råbyvägen i norr.