Som en del av det stora bygget av ett nytt resecentrum i Uppsala byggdes också ett nytt stationshus. Det placerades mellan det gamla stationshuset och den nya Centralpassagen, gång- och cykelstråket under spåren. För att få plats med detta fick den sydligaste flygeln på det gamla stationshuset rivas varefter den nya byggnaden sammanfogades med den gamla.
Det nya stationshuset har två våningsplan och en fyrkantig struktur med fasader av glas och svart metall. Inuti är huvudstråken genom byggnaden orienterade diagonalt med huvudentréer vid norra hörnet mot stadens centrum och entréer från spår 1 respektive Centralpassagen vid motstående hörn. Innanför huvudentrén finns rulltrappor, trappa och hiss mellan de två våningsplanen.