Dubbelspårslinjen Uppsala–Samnan är 4,7 kilometer lång och indelad i tre blocksträckor om 1,0 kilometer, 1,6 kilometer respektive 2,1 kilometer räknat från söder. Den sydligaste blocksträckan motsvarar den tidigare linjen mellan Uppsala och Y-driftplatsen Löten, den sträckan byggdes ut till dubbelspår i befintlig enkelspårssträckning 2002–2004. Resterande del av linjen undantaget sträckan inom den tidigare driftplatsen Löten är dubbelspår byggt i ny sträckning 2013–2017 med öppning av uppspåret den 8 maj 2017 och med trafik på båda spåren från 17 september 2017. På linjen finns den 610 meter långa tunneln genom Gamla Uppsalas tätortsbebyggelse, söder om södra tunnelmynningen går banan väster om den gamla enkelspårslinjen och norr om den på den östra sidan.