Boden södra är driftplatsen närmast söder om Boden C längs Stambanan genom övre Norrland. Den ligger i stadens västra delar och bangårdsmiljön domineras av de stora militära magasinsbyggnader som ligger söder om bangården nära spåren. Den största av dessa är det gamla havremagasinet ett landmärke för både hela bangården. Stationshuset stod strax väster om detta på bangårdens södra sida men är numera rivet, kvar på platsen finns endast teknikhuset.
Infarten söderifrån sker i kurvan norr om bron över Luleälven och strax därefter följer en bevakad plankorsning. Här låg tidigare bangårdens västra ände, något som idag kan ses på kontaktledningsbryggorna. Idag nås inte västra bangårdsänden förrän den långa kurvan är slut och dagens bangård ligger helt och hållet på en raklinje. Normalhuvudspåret ligger i söder och norr om det finns två avvikande huvudspår. På södra sidan av normalhuvudspåret ligger ett sidospår vid en lång lastkaj som används för makadamlastning. Spåret har växel till huvudspår i östra änden och sträcker sig västerut längs normalhuvudspåret nästan ända fram till plankorsningen nära södra driftplatsgränsen.
Före bangårdsombyggnaden 1996 låg östra bangårdsänden i höjd med teknikhuset och havremagasinet. Från denna plats utvidgas en separat bangård västerut på norra sidan som sedan vrider av mot nordost från stambanans nuvarande utfartskurva söderut och fortsätter ytterligare några hundra meter västerut. Denna säckbangård nås idag genom en växelförbindelse från det nordligaste huvudspåret strax väster om teknikhuset. Härifrån och österut löper dessutom ett stickspår på bangårdens norra sida ända fram till nuvarande östra bangårdsänden vid plankorsningen med Intendenturvägen.