Upplands Väsby pendeltågsstation har två mellanplattformar, en för norrgående tåg och en för södergående. Mellan dessa finns ett spår som kan användas för tåg i båda riktningar, detta är dessutom med huvuddvärgsignaler delat i en nordlig och en sydlig del. Mittspåret ansluter till de båda pendeltågsspåren både norr och söder om plattformarna. I norr finns dessutom ett par uppställningsspår i mittspårets förlängning mellan pendeltågsspåren. På bangårdens västra sida finns ytterligare några spår utöver de fyra normalhuvudspåren.