Gårdsjö är knutpunkten mellan Västra stambanan mellan Hallsberg och Skövde och Kinnekullebanan som här viker av mot sydväst mot Mariestad, Lidköping och Håkantorp. Bangården har fyra huvudspår som ligger i kurva med Västra stambanans två huvudspår i innerkurva längst österut. På västra sidan i ytterkurva finns ytterligare två elektrifierade spår och mellan dessa finns i södra delen av bangården en liten plattform som används av persontågen på Kinnekullebanan. Den oelektrifierade banan ansluter i södra bangårdsänden, men det finns inga växlar från Kinnekullebanan ut på Västra stambanan i södra änden av bangården. Däremot finns det en växelförbindelse från de avvikande huvudspåren ut på stambanans normalhuvudspår även i söder. I anslutning till dessa och till skiljet mellan de båda banorna ligger en bevakad plankorsning över de tre spåren.