Kisa station ligger centralt i tätorten med bangården i nord-sydlig riktning. Bangården har fyra spår med en plattform mellan spår 3 och 4 längst österut. Stationshuset vid godsmagasinet på bangårdens västra sida byggdes i slutet av 1960-talet varefter det gamla stationshuset på bangårdens östra sida revs. Vid södra bangårdsänden finns ett lokstall av rundstallsmodell men med endast en plats.