Den stora ombyggnaden av Uppsala C 2005–2011 förändrade bangårdens utformning helt. Bygget av såväl tunneln under spåren som den nya bangården skedde under pågående trafik och fick därför företas i etapper där antalet tillgängliga spår begränsades något. Tunneln – som egentligen är två separata tunnlar med trapphus mellan – började byggas på statiosnhussidan varefter de gamla spåren lades tillbaka ovanpå den. Därefter kunde de nya spåren börja byggas från andra sidan och spår 8 blev först ut att driftsättas. Därefter stängdes gamla spår och driftsattes nya spår allt eftersom fram till spår 1 och 2 som driftsattes i december 2011.
Bangården före 2005
Personbangården vid Uppsala C hade före ombyggnaden sex genomgående spår, 1–6, och ett säckspår söder om stationshuset, spår 0 samt spår 7 som avgränsats till säckspår norrifrån med hjälp av stoppbockar. Alla spår utom spår 6 hade plattform och plattformarna förbands i norra änden av tre plattformsövergångar i rad mitt framför stationshuset. Från norr breddades bangåden snabbt från två spår på bron över Vaksalagatan till sju spår vid plattformsövergången för att sedan på en betydligt längre sträcka gå samman till tre spår på bron över Strandbodgatan som liksom bron över Vaksalagatan gav upphov till ett rejält backkrön på spåren.
Plattformen mellan spår 4 och 5 var längst med cirka 400 meter och sträckte sig böjd på mitten ända ner till den ännu kvarvarande gamla ställverksbyggnaden något norr om Strandbodgatan. Näst längst var plattformen vid spår 1 följd av plattformen mellan spår 3 och spår 4 som mätte knappt 300 meter. Säckspåren 0 och 7 hade kortare plattformar, spår 7 endast omkring 100 meter, det räckte dock väl för tågen mot Tierp som normalt använde detta spår.
Nordost om personbangården låg en stor bangård med lastspår och lastkajer som sträckte sig ända fram till smalspårsbangården vid gamla Uppsala östra. Den nåddes via ett spår som från godsbangården i söder gick på en separat bro över Strandbodgatan öster om järnvägsbron för huvudspåren. Bangården låg före ombyggnaden öde och under förfall och vissa lastkajer användes som cykelparkering.
Bangården efter 2011
Den nya bangården vid Uppsala C har åtta plattformsspår men är utformad så att endast hälften av spåren är genomgående. Spår 1 närmast stationshuset och spår 8 längst från stationshuset omsluter normalspårsbangården och har sidoplattformar. Övriga spår, 2–7, nås via en gemensam uppgång med rulltrappor, trappa och hiss från Centralpassagen. Söder om detta trapphus – Norra entréhallen – finns två mellanplattformar mellan vilka två långa säckspår söderifrån ligger, spår 3 och 4. Därmed delar spår 2 och 3 samt spår 4 och 7 varsin plattform. Ytterspårens (2 och 7) plattformar slutar i höjd med trapphuset med stoppbockarna för de två säckspåren 5 och 6 från norr som delar den först breda men snabbt avsmalnande plattformen norr om trapphuset.
Förutom via trappor och hissar i anslutning till Centralpassagen och stationshuset i norr kan plattformarna också nås från Strandbodgatan i söder. Vid samtliga plattformars södra ände finns trappor och hiss direkt till gång- och cykelbanan på Strandbodgatans norra sida under de tre nya järnvägsbroarna där. Den gamla bangården nordost om personbangårdens spår har helt utraderats och en ny genomgående gata, Stationsgatan, har byggts genom området. Smalspåriga Upsala–Lenna Jernväg kommer in från öster, korsar Stationsgatan i plan och har sedan fått två spår inne på nya Uppsala C, varav det ena, spår 9, delar plattform med spår 8. Vid Centralpassagen har de två stora Båghusen uppförts, övriga delar av det gamla bangårdsområdet ska bebyggas med bostäder.