Dubbelspårslinjen Uppsala C–Löten var 1,0 kilometer lång och sträckte sig från norra driftplatsgränsen i Uppsala C vid järnvägsbroarna över Råbyvägen och därifrån rakt norrut längs med stadsdelen Svartbäckens östra gräns. Infarten till Löten fanns omkring 200 meter norr om bron över Gamla Uppsalagatan. Dubbelspåret mellan Uppsala och Löten byggdes 2002–2004 och lades då något längre österut än den gamla sträckningen. Det gjorde att avståndet till villabebyggelsen i Svartbäcken ökade så att det fanns plats för ett bullerskyddande plank på den sidan.
När det första spåret på det nya dubbelspåret mellan Löten och Samnan kopplades in i maj 2017 slopades driftplatsen Löten helt och hela sträckan inklusive den gamla linjen Uppsala–Löten ingår sedan dess i den nya linjen Uppsala–Samnan.