Under 2013 fortsatte de arkeologiska utgrävningarna i stor omfattning i och i anslutning till den nya järnvägens sträckning. Dessutom byggdes en ny sträckning av Vattholmavägen mellan Gamla Uppsala skola och plankorsningen med befintlig järnväg, den nya järnvägen ska här använda vägens gamla sträckning. Nu togs också åkermark inom byggområdet i anspråk.