I september 2013 var det byggstart för dubbelspåret i Gamla Uppsala och därmed avslutades också de mest omfattande arkologiska utgrävningarna i området medan de ändå fortsatte ytterligare en tid på vissa delar av området. Eftersom byggområdet till stor del redan var påverkat av utgrävningarna genom avverkningar, vägomläggningar och schaktning skedde ingen dramatisk förändring av miljöerna längs den blivande järnvägssträckningen när bygget kom igång på riktigt. De stora schaktarbetena för tunneln dröjde ytterligare en tid.