Den fyra kilometer långa sträckan mellan driftplatserna Löten och Samnan i Uppsalas norra utkanter blev tillsammans med sträckan Skutskär–Furuvik de två sista enkelspårssträckorna mellan Stockholm och Gävle, två långvariga flaskhalsar för tågtrafiken. Nu pågår dubbelspårsbygge på båda dessa sträckor och om några år är det dubbelspår hela vägen mellan Stockholm och Gävle. I Gamla Uppsala byggs den nya järnvägen genom ett mycket värdefullt kulturlandskap och genom tättbebyggt område vilket ställer höga krav på utformningen. Den nya sträckningen innefattar en 610 meter lång betongtunnel som byggs från markytan. Byggstart var hösten 2013 och det nya dubbelspåret beräknas vara i full drift i september 2017 med inkoppling av ett spår i maj 2017. Järnvägsbyggena föregicks av omfattande arkeologiska undersökningar och även en omläggning av Vattholmavägen norr om Gamla Uppsala.