Brunflo ligger cirka 15 kilometer sydost om Östersund och utgör knutpunkt mellan Inlandsbanan och Norrländska tvärbanan (Mittbanan). Järnvägen går rakt genom tätorten men stationen ligger strax sydost om centrum. Bangården ligger i sydost–nordvästlig riktning parallellt med europavägen och stationshuset ligger på nordöstra sidan mellan järnvägen och vägen. Bangården har 3 genomgående huvudspår med normalhuvudspåret 1 närmast stationshuset. Plattformar finns vid spår 1 väster om stationshuset samt mellan spår 2 och spår 4 med plattformsövergång över spår 1 och 2 framför stationshuset. Spår 3 är ett stickspår från nordväst som avslutas med en stoppbock före mellanplattformen. Utöver stationshuset finns också en ställverksbyggnad kvar strax väster om detta samt längre mot sydost också avträde och godsmagasin.