Värnamo är knutpunkten mellan Halmstad–Nässjö järnväg och Kust till kust-banan, ursprungligen Borås–Alvesta järnväg. Värnamo var också nordlig ändpunkt för Skåne–Smålands järnväg och hade därmed utfarter i fem riktningar. Den sistnända banan mot Ljungby som hade gemensam utfart med HNJ till Helmershus några kilometer söder om Värnamo är numera nedlagd, men trafiken fortgår på övriga banor.
Bangården i Värnamo ligger i nord-sydlig riktning och det större stationshuset i tegel står på östra sidan. Utöver en kort stamplattform framför stationshuset finns en längre plattform mellan spåren 3 och 4 vilken nås via en plattformsövergång strax norr om stationshuset.