Vaggeryd utgör knutpunkten mellan banan Nässjö–Värnamo och banan Jönköping–Vaggeryd och ligger därmed mitt i det så kallade Y:et som dessa småländska banor utgör. Bangården ligger i sydväst-nordostlig riktning och har tre huvudspår som alla har plattform. En sidoplattform finns på sydöstra sidan och en mellanplattform mellan de två spåren på bangårdens nordvästra sida som nås via en gångtunnel under spåren. Stationshuset ligger omedelbart norr om sidoplattformen på bangårdens östra sida. I bangårdens norra del finns en plankorsning när bangården har smalnat till två spår och strax norr om den viker banan mot Jönköping av norrut.