Baggeby är den västra ändpunkten på dubbelspåret från Aga som stod klart 1949. Som hållplats har Baggeby dock funnits sedan banan öppnades 1914 och det lilla stationshuset har funnits på platsen lika länge. Här finns två plattformar, en vid stationshuset på spårens norra sida och en på södra sidan parallellförskjuten österut så att plattformarna sträcker sig ut åt varsitt håll från den enda plattformsövergången. Växeln som avslutar dubbelspåret finns omedelbart väster om västligaste plattformsövergången, där inleds också den långa och kraftiga lutningen ner mot Torsvik. Här finns också en likriktarstation, den ursprungliga byggdes här 1943 för att förbättra eldriften på banan.