Aga har hela tiden varit Lidingöbanans huvudstation med vagnhallar och trafikledning, det är också den största stationen sett till spåranläggningen. Aga station ligger alldeles intill företaget Agas gamla huvudfabrik från början av förra seklet, ett område som idag kallad Dalénum efter företagets mångårige VD och en av de stora drivkrafterna för att södra Lidingöbanan skulle byggas, Gustaf Dalén. Trots att såväl byggnader som bangården är mer storskaliga än vid övriga stationer på banan är det en mycket charmig och sammanhållen miljö med stationshuset från 1946, lokstallet från 1944, den enda kvarvarande delen av den äldre vagnhallen i trä som förstördes vid en storbrand 1949, samt nuvarande vagnhall från 1952, moderniserad på 1980-talet. När den nya vagnhallen nu ska byggas förändras det mesta här intill det för Lidingös utveckling under förra seklet så viktiga industriområdet.
Bangården i Aga har precis som övriga stationer vid banan två genomgående spår, men innefattar också spår till vagnhallen i väster och lokstallet i öster. Sedan 1949 är det dubbelspår västerut till Baggeby, medan östra utfarten mot Skärsätra som vi tidigare sett är enkelspår. Stationshuset är en stor tvåvånings tegelbyggnad som ligger på bangårdens norra sida och uppfördes 1946 och utanför det finns plattformen vid spår 1 som normalt används av tåg mot Ropsten. Vid östra stationshusets östra gavel finns en plattformsövergång över de två spåren och från denna utgår plattformen vid spår 2 österut, denna används normalt för tåg mot Gåshaga. Den stora vagnhallen ligger sydväst om stationshuset i lite sned vinkel. Ett anslutningsspår dit finns från växlar vid stationshusets västra del. I östra delen av bangården finns lokstallet som också har en liten bangård med liknande anslutning till trafikspåren som vagnhallen i väster.