Bygget av nya Örnsköldsvik C påbörjades våren 2003. Stationen placerades i Varvsbergets östra sluttning ovanför inre hamnen, några hundra meter nordväst om den gamla stationen. För att ge plats åt stationen fick samtliga nio villor och bostadshus på Alstigen rivas, ytterligare tre hus på andra platser i centrala staden mötte samma öde till följd av bygget. Botniabanan söderifrån kommer fram till bangården via en tunnel genom Varvsberget som mynnar nära södra bangårdsänden. Mellanselsbanan ansluter från norr längs Varvsbergets sluttning, medan Botniabanan norrut genar över dalgången mellan Varvsberget och Åsberget på en lång bro fram mot tunneln genom det sistnämnda berget.